调整编成提升反应能力
随着日向、出云两级直升机航母的下水，日本海上自卫队在指挥体制和兵力编成上作出了较大调整，将主力编为自卫舰队和“地方配备部队”。
自卫舰队相当于旧日本海军的联合舰队，水面主战舰艇、潜艇和航空兵均编入其内。其中，水面主战舰艇编为“护卫舰队”，下辖4个护卫队群，每个护卫队群下辖2个护卫队。一般情况下，其中一个护卫队辖1艘直升机航母、1艘防空驱逐舰和2艘通用驱逐舰，称“直升机驱逐舰队”，主司反潜；另一支则辖1艘防空驱逐舰和3艘通用驱逐舰，称“防空驱逐舰队”，主要负责海基反导和防空。需要说明的是，从2005年起，各护卫队群不再担负作战指挥职责，转为只负责管理、训练和后勤保障的行政单位，而下属的2支护卫队则分散配置，不再集中一地。
与此同时，原先专职防守近海区域的5个地方队，则转型成为专门负责一个战略方向的作战指挥机构。这也意味着，海上自卫队的兵力运用不再局限于同一行政单位内，能在发生“突发事件”时部署1到2支“8舰编队”。这对海上自卫队指挥运筹、协同作战、训练水准和后勤保障等方面提出了更高要求，也提高了其插手干预周边热点事件的灵活度。
需要指出的是，近年来，日本自卫队加速融入美军作战体系，强调日美一体化运用，在指挥体制上也在向美军学习。目前，日本防卫省已决定正式设立统一指挥陆、海、空自卫队的“统合司令官”，届时其对海上自卫队的指挥可能将更加顺畅。
野心勃勃恶化安全局势
然而，日本海上自卫队的野心远不止于此。日本方面已确认，下一发展阶段将新建2艘吨位更大、威力更强的大型反导拦截舰，其将能够发射从美国购入的“战斧”导弹。日本还在研发国产的“防区外导弹”，预计射程更远，未来将取代美制“战斧”。此外，美英澳决定开展核潜艇合作后，日本国内也有声音主张像澳大利亚那样引进核潜艇。
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