在政治方面，虽然，柯文哲曾多次主张蓝绿并没有什么不同，甚至生动的用狒狒不是爬上树屁股才变成红的来比喻。这也是他宣称创立民众党的主要动机之一。他的论点是无论蓝绿都是以政党利益为优先，而不是以台湾人民的福祉为重。他认为蓝绿两党都有贪污、黑箱、内斗等问题，而且都对中国大陆的关系没有清晰的策略和方向。
柯文哲期望民众党打破蓝绿的高墙，建立一个超越意识形态的第三势力。但目前综观下来，民众党并没有展现出和蓝绿的关键性不同，无论是民众党的地方染黑的疑虑或是新竹市长高虹安涉嫌诈领助理费的案件，都对他的选情造成了冲击。
在两岸方面，柯文哲也曾表示，两岸关系决定权不在台湾，是个假议题。他认为，两岸关系的发展不是由台湾单方面决定的，而是受到国际情势和中美关系的影响。这论述反映了他对两岸关系的务实态度，但是也没有完全脱离蓝绿执政时期维持现状的政策方针。
在政策方面，女权、特殊族群选票上几乎回天乏术、为了维护地方影响力也不得不运用地方势力，加上两岸议题拿不出和蓝绿关键差异的情况下，柯文哲可以考虑似乎只有政策面的不同。例如在性别议题上，打起尊重家庭与传统中华文化的价值，经济上强调减少政府干预，打造良好经济环境等，替民众党和蓝绿两党制造出区别。
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