2.鼓励民间业者参与农业技术研发
与此同时，台湾当局还积极鼓励民间业者参与农业技术研发，提供优惠措施，如依参与业者的条件办理优先技术转移及技术授权。此外，该项农业技术产学合作计画将主管部门的研究能量向产业延伸，结合大学及研究所等单位资源与农企业力量，携手共同解决农业技术开发的瓶颈。这种农业科技研发产学合作创新机制，突出特点体现为：一是加强跨部门合作，积极促成跨国企业研发中心、岛内企业研发中心、与学界之间的研发创新合作；二是通过一系列的立法和机制创新，建立起使公立科研单位的成果可通往企业的桥梁；三是大学与农业的产学合作方式日益多样化。目前大学与农业的产学关系较偏向“研究与训练的开发”部分，而少涉及“智财开发”端，未来产学合作将向“智财开发”方向发展。
（二）设置门类齐全和分工明确的农业研发体系
台湾农业科技研发机构主要由行政职能部门主管，如隶属“总统府”的“中央研究院”及其下属动物、植物、生物农业研究所等；“国家科学委员会”下属的研发中心；“行政院农委会”及其下属的各级农业科研机构③。研究所多数属大学主管，试验所和改良场的主管部门主要是“行政院农委会”。与此同时，台湾地区已设立门类较齐全的农业学科体系。主要农业学科领域都设置有专门的研究机构。其中，包括生物技术在内的农业基础研究主要由“中央研究院”、各大学院校及设立于大学内的研究中心负责。农业产业科技研究由台湾地区的“省农林厅”所属的农、林、水、畜试验所和改良场，以及财团法人的专业研究机构承担。而“中央研究院”有关生物技术基础研究的科研机构有植物所、动物所、生物生化所、生医所、分子生物所。与此同时，台湾地区各公私立大专院校下属的农学院、农艺学科系均设立有农林研究所和招收研究生，进行相关学术研究，以培养农艺专家、农业科技人才为主。而且，台湾“行政院农委会”下辖台湾地区数量最多农业科研机构，其中，在种植业方面，包括：农业试验所、各农业改良场等。在畜牧业方面，包括：畜产试验所、家畜卫生试验所等。在水产业方面，包括：水产试验所、新港工作站。
同时，台湾地区还设有省农业药物毒物试验所、特有生物研究保育中心、农业工程研究中心、农业机械化研究发展中心、台湾香蕉研究所、台湾渔业及海洋技术顾问社、台湾动物科技研究所等一些专门科研机构。上述台湾“行政院农委会”和台湾地区省属的农业科研机构彼此分工清晰，任务明确，各有自己侧重的科研目标。例如：台湾地区畜牧业科研机构中的省畜产试验所是综合研究中心，养猪科学研究所专门研究大宗畜产猪，疾病防治有省家畜卫生试验所等，便于基础研究、品种和技术改良科研以及成果推广三者之间的紧密联系与合作。
再者，台湾地区还拥有众多冠名“财团法人”的农业相关研究所，主要由台当局农业管理部门或专门的企事业机构出资成立的非营利性的研究机构，从事应用研究，以加速提升农业技术为宗旨。这些研究所是民间组织，讲求经济效益与社会效益，以包容性、前瞻性、尖端性为重点，其成果转让为非独占性，适时以多种方式推广至产业界，并提供技术服务，辅导培训农业技术人员。其中，在种植业方面，这类研究机构包括：农业种子资料中心、台湾烟叶研究所、台湾糖业研究所等。在畜牧业方面，这类研究机构包括：台糖公司畜产所、财团法人养猪所等。
另外，台湾地区还拥有亚洲土地改革与农村发展中心、生物技术开发中心、亚洲农业服务中心、农业工程中心、台湾食品工业发展研究所、中华谷类食品工业技术研究所等。由此，与中国大陆相比，台湾地区农业科技研发体系学科门类较为齐全、综合性机构与专业机构相结合，同时，研究、教学与推广紧密结合，人员交流顺畅；科研、中试、推广等系列科技工作分工合理、相互衔接，使科技成果能较快形成生产力。而且，科技机构以自然地理区域而非行政区域设置，能根据生产发展需要与农业结构变化及时调整。
（三）加强对农业科研的系统管理
1980年代中期以来，台湾地区通过设立相应的科研管理机构以加强对农业科技研究发展的政策制定、计画执行、项目管制与运作的规范。其中，1986年，台湾“农委会”成立“农业研究发展小组”，以加强对农业科技计画的管理与考核。1993年经改组，确定该小组的主要任务为：农业科技发展政策及法规的拟定。计画的规划、评审及预算编列，计画的推动、管理、成果检讨与绩效考核。人才培养及国际合作的规划、推动与管理。科技会议的筹画及其结论与建议事项的推动；与相关“部、会”、学术及研究机构对有关农业科技计画的协调与联系。之后，该小组又改组为“农业科技研究发展委员会”，主要负责农业科技项目的管理。农业生物科技的基础研究则由“国科会”生物处主管。同期，在“农委会”内部设立“农业科技审议委员会”，以加强对农业技术发展规划及“国科会”农业科技研究发展计画的执行、管制与运作。此外，2001年3月，“农委会”成立“农业科技绩效评估委员会”，以加强农业科技研究发展计画执行绩效评估，促使农业科技研究经费有效运用。该评委会的主要任务为评估农、林、渔、牧及生物技术等领域科技研究成果所掌握的技术，以提升台湾地区农业产业竞争力的效益。
三、积极开展农业高新技术研发
台湾农业高新技术发展是研究与开发相结合的产业化过程。自1980年代以来，台湾地区不断加大对农业高新技术的研发经费投入。其中，台湾地区对于生物技术及其它农业高科技研究的经费投入远高于传统农业科技。与此同时，台湾地区“农委会”对于从事农业科教研究、推广、教育、农场经营、农业产销和政策研究等有贡献者设有专项奖励，奖金达20—30万元。此外，台湾地区“行政院”设立有“杰出科技荣誉奖”，“教育部”设立有“学术奖”、“青年研究发明奖”、“大专院校技术人员杰出奖”。“国科会”还设立有研究奖励费，为从事农业技术研发有成者提供资金扶持。在此推动下，1982—1993年，仅新竹科技园区即拥有生物技术企业11家，占园区企业的6.8%。园区内设立“生物技术产业专业区”。1994年，台湾地区由产学研各机构及相关“部、会”负责人组成“生物技术指导小组”，在此推动下，大批生物技术开发企业和大规模投资计画相继出台。与此相伴，自1980年代初以来，台湾地区在种植业、农业机械化技术、渔业、畜牧业、林业、生物技术等领域逐步研发出一系列具有国际先进水准的生产技术。具体如下：
（一）种植业高新技术研发与产业化
自1980年代初以来，台湾地区种植业高科技应用的重点是新技术育种、生物防治和生物固氮、提高土壤肥力等。通过广泛收集种质资源，开展杂交育种、诱变育种。同时，利用杂种优势，在水稻、果树、蔬菜、花卉等品种选育中取得巨大成就。1993年，台湾地区先后育成水稻新品种64个、甘蔗新品种68个。1980年代以来水果育种先后育成10类60多个品种。蔬菜育种培育出早期的芦笋超雄株育种，之后广泛利用蔬菜杂交品种优势利，截至1994年，仅从境外引进育选的叶菜类品种即达725个，芸薹属品种为1425个。在生物防治农作物病虫害方面，台湾地区利用天敌小茧蜂、赤眼蜂、釉小蜂、蚜小蜂分别防治小菜蛾、甘蔗螟、椰子红叶虫和棉蚜。此外，还利用性激素防治玉米螟、象鼻虫、果实蝇等害虫。利用苏力菌、白僵菌、黑僵菌防治蔬菜害虫。利用土壤添加剂、合成营养液、几丁质添加物、木霉菌孢子悬浮液防治白绢病、韭菜锈病、柑桔线虫病等。在农药残留毒素快速检测技术方面，台湾地区通过制备对农药敏感的酵素和微生物，成功开发出快速检验农药残留毒素新技术。与此同时，台湾地区土壤资源调查已实现资讯化、电脑化管理，土壤改良和肥力管理已采用电脑技术。此外，在豆科固氮菌筛选和土壤接种剂生产、藻类固氮作用研究以及菌根菌等方面的研发成果已进入商品化阶段。而且，自1985年台湾大学园艺系完成台湾地区首座电脑园艺系统，台湾地区农业开始步入电脑化时代。自此，以电脑控制作物生物环境的技术集约型设施农业得以迅速普及。
（二）农业生产机械自动化全面普及
1986年，台湾地区已全面实现农业机械化，机械化程度为整地98%、插秧98%、收割97%、烘乾67%。1993年，台湾地区拥有大中型曳引机2052台，耕耘机128243台，联合收割机29980台。同期，台湾地区在种苗生产自动化、喷药机械自动化、温室控制自动化等方面已达世界先进水平。此外，台湾地区还拥有多样化的自动化农机。另外，台湾地区将超音波感测器应用于喷药机械。在种苗移植机上搭配视觉系统，从而控制西瓜等穴盘苗的移栽。而且，利用蔬菜种子影像资料进行优良种子筛选。
（三）渔业高新技术研发与应用
1980年代中期至1990年代末，台湾地区在水产生物技术研究方面取得一系列突破，具体体现为：一是用性激素处理培育单性鱼苗；二是利用雌核生殖及诱发产生多倍体的方法，控制放养种群，并增加个体生长体型；三是利用生物技术从事养殖环境控制和疫苗制造；四是采用剪眼柄技术促进渔类孵、巢、成熟；五是运用精英移植技术进行虾鱼人工授精。由此，台湾地区饲养的鱼、虾、贝、藻已达65多种。与此同时，自1985年起，台湾地区开始应用卫星遥感技术研判渔场，1989年将其导入解析卫星探测系统，由此，台湾地区海洋捕捞业实现资讯化与电脑化。此外，台湾地区还积极开发利用科学探鱼机，极大地提升了渔场探测的指向性、精密度及探测范围，从而进一步促进捕捞渔业的发展。另外，为解决日益凸显的养殖渔业环境问题，台湾地区充分利用现代生物技术和电子技术成功开发出五种鳗鱼循环水养殖模式和三种草虾循环水养殖模式，通过微生物制剂和水质处理剂保持养殖池的良性循环。
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